XPARAL

Sursă Originală – https://web.cs.ucdavis.edu/~gusfield/xparall/index.html

Calculul grafic al aliniamentelor parametrice

Versiunea 2.0 a

XPARAL este un program bazat pe X-Windows care calculează o aliniere parametrizată a două secvențe. Utilizatorul are opțiunea de a parametriza oricare dintre doi termeni ai funcției obiectivului de aliniere. Acești parametri includ greutatea potrivirilor, neconcordanțele, inserțiile sau ștergerile. În plus, dacă este ales un model de decalaj liniar sau convex, pot fi parametrizate și costurile de inițiere a decalajului și de extindere a spațiului. XPARAL apoi descompune cele două secvențe de intrare furnizate de utilizator în funcție de tipul de aliniere ales (global, local, en d-gap sau substring). Programul va afișa cvadrantul din dreapta sus al unui grafic bidimensional, unde axele grafurilor specifică posibilele valori ale costurilor variabile. Spațiul este împărțit în poligoane convexe, unde fiecare poligon specifică o aliniere care este optimă în raport cu gama de costuri din cadrul poligonului. Utilizatorul poate să facă clic pe un poligon și să vadă toate aliniamentele optime pentru acel interval în spațiul parametrilor. De asemenea, este posibilă salvarea și imprimarea alinierilor optime.

Interfața de utilizator a XPARAL

Versiunile executabile ale acestui program sunt disponibile pentru următoarele sisteme de operare (numai pentru Mac, Linux, Unix și X): 
 

Codul sursă pentru XPARAL și fișiere asociate: sursă etc. 
Dacă compilați pentru alte platforme decât cele de aici, vă rugăm să trimiteți executabilele pe care le postați aici. Mulțumiri. 
XPARAL găsește aliniamentele optime, presupunând fie scoruri uniforme pentru potriviri și pentru neconcordanțe, fie bazate pe valori din tabelele de scorare citite dintr-un fișier. Aceste fișiere de notare sunt acum incluse în XPARAL și pot fi selectate dintr-un meniu derulant.XPARAL permite de asemenea citirea șirurilor de caractere din fișiere, fie singure, fie ca șiruri aliniate.

Documentația de program este disponibilă online sau ca document postcrisc descărcabil.


Și Gusfield, gusfield@cs.ucdavis.edu
Iunie 2001